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由国民党中央执行委员会选任，汪精卫任议长。按照组织条例，国民参政会的职权主要有三项：（1）在抗战期间，政府对内对外重要施政方针，于实施前应提交国民参政会审议。前项决议案经国防最高会议通过后，依其性质交主管机关制定法律，或颁布命令行之。但是，“遇有紧急特殊情形，国防最高会议主席得依《国防最高会议组织条例》以命令为便宜之措施。”（2）国民参政会得提出建议案于政府。（3）国民参政会有听取政府施政报告暨向政府提出询问案的权力。国民参政会每半年开会一次，闭会期间设驻会委员会。它下设五个审查委员会，分别审查关于军事国防、外交国际、内政、财政经济、教育文化等项议案。国民参政会没有立法权和监督权，不是所谓的“战时国会”，但它为各党各派评议时政提供了合法讲坛。广州、武汉失守后，抗日战争进入相持阶段。1938 年12 月18 日，汪精卫叛国投敌。1939 年1 月28 日，国民党五届五中全会决定设立国防最高委员会，统一党政军的指挥，国民党中央执行委员会所属各部各委员会及国民政府五院、军事委员会及其所属各部各委员会，兼受国防最高委员会指挥，总动员委员会直隶于国防最高委员会。与国防最高会议不同之处在于：（1）国防最高委员会不设副职，实行委员长集权制，委员长可以提名任命委员，常务委员由委员长于委员中指定。（2）除委员外，国防最高委员会另以党政军各方面负有实际责任的领导人为执行委员，负责执行国防最高委员会的决议，经委员长指定的执行委员还可以列席国防最高委员会常务会议。（3）国防最高会议没有常设机构，国防最高委员会设立了机构庞大的秘书厅。2月7 日，国防最高委员会成立，蒋介石任委员长。3 月11 日，国防最高委员会下设国民精神总动员会，蒋介石兼任委员长。11 月20 日，孔祥熙辞职，蒋介石复任行政院院长。此后，行政院的直属机构进行了局部调整。1940 年3 月，将原属经济部的农林部分划出，设立农林部。4 月，原属内政部的卫生署划归行政院直辖。7 月，增设全国粮食管理局，统筹全国粮食的产销储运。9 月6 日，国民政府明令以重庆为陪都。10 月，行政院增设重庆陪都建设委员会，国民党中央执行委员会社会部改隶行政院。1941 年5 月，撤销全国粮食管理局，增设粮食部。7 月，增设全国水利委员会。12 月，撤销内政部原设的地政司，改于行政院下设地政署。国民党五届七中全会曾决定增设经济作战部，国民党五届八中全会曾决定增设贸易部，但这两部均未成立。到1941 年底，行政院的直属机构增加为10 部5 会2 署。
行政三联制的推行战时国民政府虽然实行高度集权，但是由于官僚机构臃肿、从政人员腐败，并没有收到集权政府应有的行政效能。1940 年7 月6 日，根据蒋介石的提议，国民党五届七中全会决定试行行政三联制。所谓行政三联制，是将行政管理的设计、执行、考核三个环节紧密连接起来，设计是行政活动的开始，执行是对设计的实施，考核既是对执行情况的检验，又是对下一个设计的反馈。如此首尾相连，形成一个有机的行政系统。它的运行程序是：在每一个年度开始前，先由中央设计局拟就施政方针，经国防最高委员会讨论修改后发交各级政府，各级政府据此拟定详细施政计划及所需经费概算，逐级审核后送达中央设计局，再由中央设计局审查、整理成全国施政计划，呈报国防最高委员会核准，发交各级政府执行，同时通报党政工作考核委员会，党政工作考核委员会据此对各级政府施政状况进行考评。1941 年2 月15 日和22 日，党政工作考核委员会和中央设计局先后成立。按照组织大纲，中央设计局是主持政治经济建设计划的设计及审核的最高机关，党政工作考核委员会是考核检定设计方案的实施进度、考核党政机关经费人事的最高机关。在行政三联制下，国民政府五院、国民党中央各部会、地方各级政府和党部都成了纯粹的执行机关。对此，立法院、监察院明确表示不满，司法院、考试院和国民党中央各部、各委员会都消极抵制。1942 年11 月27 日，国民党五届十中全会强令推行行政三联制，规定对“不遵送计划与不遵照计划执行之主管与机关”予以严格惩处。1943 年，各机关相继设立了设计考核委员会或设计考核处，负责本机关的施政设计和工作考核。实行行政三联制并没有革除公文往返、办事拖沓、敷衍塞责的弊端。由于蒋介石一身兼任中央设计局总裁、行政院院长和党政工作考核委员会委员长，使三联归于一统，加强了蒋介石的个人集权。1943 年8 月1 日，林森逝世，蒋介石代理国民政府主席。国民党五届十一中全会于9 月10 日再次修改《国民政府组织法》，规定：国民政府主席为陆海空军大元帅；国民政府五院院长、副院长由主席于国民政府委员中提请国民党中央执行委员会选任；国民政府主席对国民党中央执行委员会负责，五院院长对国民政府主席负责；主席任期3 年，连选得连任。会议推举蒋介石为国民政府主席兼行政院院长。这样，蒋介石将党政军最高职位全部收归己有。直到1945 年5 月31 日，蒋介石才辞去行政院院长兼职，由宋子文继任。
战后的行政机构抗日战争胜利后，国民政府于1946 年5 月5 日迁回南京22 日，原属经济部的资源委员会改隶行政院。31 日，国民政府明令撤销军事委员会及其所属各部、各委员会和行政院的军政部，改于行政院下设国防部。6 月26 日，内战重新爆发。在国民党的专制统治陷入严重危机的情况下，国民党中央执行委员会常务委员会于1947 年4 月17 日决定改组国民政府，使其成为由训政向宪政过渡的政府。具体措施是：（1）撤销包揽一切的国防最高委员会，以国民政府委员会为国民政府最高国务机关。其职权为讨论及决议立法原则、施政方针、军政大计、财政计划及预算、院与院之间不能解决事项，并决定各部、各委员会长官及不管部会的政务委员和立法委员、监察委员的任用。国民政府设委员29 人，其中国民党17 人，青年党、民社党、无党派人士各4 人，国民政府正副主席、五院院长及主要部部长均由国民党委员担任。（2）改行政院会议为政务委员会，以行政院负行政的全责。行政院下设内政、外交、国防、财政、教育、农林、工商、交通、社会、水利、卫生、地政、粮食、司法行政、主计15 部和蒙藏、侨务、资源3 个委员会。其中，工商部由原经济部更名而来，水利部由原全国水利委员会改组而来，卫生部、地政部由原卫生署、地政署升格而来，司法行政部由司法院改隶而来，主计部由国民政府主计处改隶而来。（3）国民政府委员会吸纳了少量非国民党委员，立法院、行政院、监察院也都增加了一些非国民党的立法委员、政务委员、监察委员。这次改组政府没有经过民主选举，是由国民党一党包办的，改组后蒋介石仍任国民政府主席，孙科任副主席，张群任行政院院长，非国民党委员多担任副职或闲职，没有改变国民党一党专政的局面。
第三节军事机构和军事制度军政时期的军事机构和制度南京国民政府的最高军事机关是国民政府军事委员会。1927 年7 月12日公布的《军事委员会组织大纲》规定：军事委员会为军事最高机关，负全国陆海空军编制、统御、教育、经理、卫生及充实国防之责；军事委员会委员由国民党中央执行委员会选任，委员互选5 至7 人为常委，常委互选1 人为主席；执行决议、发布命令时，由常务委员全体署名。军事委员会下设政治部、军务厅、总务厅、参谋厅、军事教育厅、海军处、航空处等直属机构。国民革命军总司令部名义上隶属于军事委员会，实际上独立行使统帅权。军政时期的南京国民政府实行总司令集权制。国民党中央政治会议于1927 年5 月2 日修改通过的《国民革命军总司令部组织大纲》规定：凡编入作战军战斗序列的陆海空军均归总司令统辖指导，对于此等军队的统御、经理、教育、卫生等事项负完全责任；未加入作战序列的各军，仍由军事委员会直辖，但应作战上的要求，总司令得咨请军事委员会调遣。这次会议还决定，在总司令部内增设战时政务委员会，�