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鲍林从阅读的有关肾病的文献中早已了解到，其他的一些肾病专家并不同意阿迪斯的观点。他们指出，在饮食中需要蛋白质以使肾脏得到最大限度的再生。而在另一方面，另外一些专家则照例会放弃对患布赖特症病人的治疗。阿迪斯至少作出了尝试来治愈这一种疾病。
一连好多天，阿迪斯跟踪分析鲍林的排尿量、沉淀物数量和尿素清除率，有时他把鲍林带到自己的实验室，亲眼观察尿样分析的结果。他每天都和这位明星患者进行交谈——有时他们一起喝茶，而喝茶是阿迪斯每日必不可少的一项仪式——两人发现他们有很多相似之处。阿迪斯相信科学的测量是进行诊断的基础，这正好与鲍林不谋而合。两人讨论肾脏的功能，讨论血红蛋白的新陈代谢，还讨论政治：阿迪斯是海湾地区最为激烈的反法西斯主义者，民权运动的支持者和苏维埃俄国的信仰者，他采用了社会主义的路线经营自己的诊所。
在阿迪斯的诊所里度过两周后，他俩成了好朋友。一天，阿迪斯走进病房告诉鲍林可以回家了。他的测试表明鲍林的病情可以通过低蛋白和无盐的饮食得到控制，这样可以减少尿素的产出，并降低组织的浮肿。爱娃将确保鲍林坚持这一饮食方案；阿迪斯已经给了她一些建议。他会在斯坦福继续关注鲍林病情的发展，每星期都会对他的尿样进行分析。他嘱咐鲍林说，躺在床上，注意饮食健康；不要过度劳累，以便让肾脏得到修补的机会。
这听起来十分在理。回到帕萨迪纳后，鲍林被安置到了书房的一张床上，开始按阿迪斯的嘱咐限制饮食，主要吃些水果、谷物、蔬菜，并补充适量的维生素、矿物质和大量的水。他将通信缩减到了最低限度，将大多数的行政职责委派给了斯特迪文特，并埋头于神秘小数，希望借此来暂时停止对科学的思考。爱娃成了他的护士和营养师，精心为他准备食物，在新买的天平上精确地称出每样配料的重量，计算总的蛋白质和盐的摄入量，并把所有的数据都记在本子上。如何让无盐、无肉的饮食有滋味成了向她本人的一项挑战。除了日常的香蕉和动物胶之外，她有时还从园子里抓几个蜗牛，用麦片喂养几日，然后清蒸，这对于饮食单调的鲍林而言不啻于一餐美食。爱娃对鲍林解释说，蜗牛的蛋白质非常低。
阿迪斯的食物疗法开始奏效。鲍林强迫自己呆在床上，起先是一整天，然后是半天。四个月之后，浮肿消失了；六个月之后，鲍林发现自己的精力和兴致恢复到了正常的水平。他经常和阿迪斯通信，偶尔去拜访他，并成为阿迪斯疗法的信徒。后来他提名阿迪斯为国家科学院院士，并确保了他的当选，并在战争期间帮助他获得政府资助以继续肾病的研究。他坚持低蛋白饮食达15年之久，并将他的生命和健康归功于阿迪斯的医学思想。而阿迪斯对鲍林说，是爱娃拯救了他：其他很少有病人能够这样做，这样虔诚地坚持这种饮食。
对鲍林的同事而言，他的康复被视为一种奇迹。一开始，甚至有人十分认真地在讨论化学系在失去鲍林之后将何去何从。现在不到一年，鲍林就恢复了健康，而且看上去比任何时候都更好。休斯回忆说：“我们原以为会失去他，然而此后的许多年中，我发现他痊愈之后一年比一年更加年轻了。”
1941年9月，鲍林的感觉十分良好，他决定去参加芝加哥大学的五十周年校庆，庆典的高潮是向五十个学术领域中五十名佼佼者授予荣誉博士的称号。鲍林高兴地接受了荣誉化学博士学位。他重新开始投入到科研项目中，包括他的抗体研究，并开始把他给一年级新生上课的备课笔记编成了一本教材。
然而，正在此时传来了日本袭击珍珠港的消息，这一科研项目连同其他许多项目一起被搁置了起来。
炸弹和火箭
美国在1941年12月7日正式加入战争，实际上证实了加州理工学院师生的预见。在珍珠港事件发生后的几天内，73岁的密立根就指派了一个委员会来保证学院的安全。人们主要担心日本人搞破坏和轰炸，而且委员会在珍珠港事件后的狂乱中有些神经过敏。战争初期的几个星期有些像一出喜剧，成队的学生手执斧头柄在重要的建筑周围巡逻。有人向鲍林建议说，在盖茨大楼和克莱林大楼的每个实验室外都配备武装警卫，但是他说服校方，只要晚间派一个巡夜人就足够了。学者们将他们的思想从宇宙的结构转向国产防毒面具的制作，以及在爆炸时防止玻璃四处乱飞的方法。鲍林和每一个接受军方合同的科学家一样，被取了指纹并接受了安全审查。
比这些表面上的变化更为重要的是战争给学院带来了大笔的金钱。在华盛顿，加州理工学院的查理·劳利森成了军用火箭的狂热推动者，他让军方确信，尽管学院在战前对火箭的研究甚少，但是可以成为全国火箭研究的中心。在日本人进攻珍珠港后三个月，帕萨迪纳收到了联邦政府用于火箭研究的第一笔二十万美元的拨款——相当于学院战前年度预算总额的六分之一。劳利森在帕萨迪纳附近的丘陵中建立起了一个火箭推进剂工厂，并在鲍林系里的一位教师、化学工程师布鲁斯·塞奇领导下彻夜不停地开展工作。一位项目参加者回忆说：“没有什么人知道，在山上的高性能炸药足以将帕萨迪纳从地图上抹掉。”到1944年，单是给火箭项目的经费一个月就达到了两百万美元，雇佣的工人成千上万，分包商有上千个，在南加利福尼亚创建了一个全新的工业。正如劳利森的得力助手所言，“加州理工学院的一大部分实际上成了军械局的一个分部。”
火箭的一大问题是不可靠。劳利森观看海军的射击演习，看见火箭一个接一个，不是提前爆炸，就是偏离目标。他相信这是推进剂的问题，美国产的火药燃烧不规律，比他看见在英国使用的火药差得多。他认为使用更好的推进剂和更为科学的设计，火箭可以更精确，更可靠，成为战争的一样利器。
鲍林也对推进剂和炸药发生了兴趣。美国宣战之后，他将自己的才能运用于火药的研究之中。他成为国家防卫研究委员会炸药部的一个成员——这个委员会和新成立的医学研究委员会一样，是科学研究与发展局的一个下属机构——并主持火箭项目内部弹道特别委员会的工作。他几乎每个月都要到华盛顿去，和操纵战争机器的那些人制定研究规划并讨论研究目标。政府的拨款也开始流向他的实验室，主要是用于炸药分析，并开发更为稳定的推进剂。鲍林很快成了一名专家，他广泛地阅读各种资料，并在1942年春夏之交参观了东部一些火药和炸药工厂。海军开始经常性地将得到的德国和日本燃料送到帕萨迪纳，让加州理工学院的科学家进行分析。在鲍林指导下创造出来的新的色谱法，可以对协约国的火箭成分进行快速准确的分析——哪怕只是从炸弹碎片上刮下来的一些碎屑。将泽希迈斯特的分离法扩展到对炸药的分析，使色谱法成为化学家的一项重要工具。鲍林说：“引进色谱分析，我们可以说是对现代化学进行了一场革命。”
1942年春天，已经康复的鲍林急切地想为战争作贡献，一头扎进了国防研究中。他发明了一种改进的火箭炸药稳定剂，这一化合物能够使炸药燃烧得更稳定，火箭飞行的弹道也更理想。有好事者昵称它为“莱纳斯”，这一名称在第二次世界大战期间流传甚广。鲍林开始研究用合成物质来替代军事观察仪器上急需的石英晶体，并合作研制了一种穿甲弹，后来还申请了专利。
只要有可能，爱娃仍坚持让鲍林在床上躺上半天，但是要让他减缓工作的节奏几乎是不可能的。他本来的想象力就如天马行空，现在更有许许多多问题需要他思考。而且，他选择的每一个课题，似乎都有源源不断的联邦经费。他就如同一个手执一张空白支票的男孩，闯进了玩具店。他在1942年6月写道：“这里的实验室已经失去了往日的悠闲。我们有数不清的战争研究项目，每个人都全力以赴。”他巡视兵工厂，对炸药的生产提出建议。他分析制造氧气的化学系统。他负责一个生产烟雾剂的生产项目。他还设计了一个测定溶剂中分子量的仪器，并在空余时间发明了一种他自认为不可破译的密码（他将这一发明送交陆军部，之后就杳无音讯了）。他每月一次都要登上“超级首领”列车去华盛顿�