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（二）说明人体的生理功能
中医学应用阴阳学说分析人体健康和疾病的矛盾，提出了维持人体阴阳平衡的理论。阴阳匀平谓之平人。机体阴阳平衡标志着健康。健康包括机体内部以及机体与环境之间的阴阳平衡。人体的正常生命活动，是阴阳两个方面保持着对立统一的协调关系，使阴阳处于动态平衡状态的结果。
阴阳学说在生理学的应用主要是：
1．说明物质与功能之间的关系：人体生理活动的基本规律可概括为阴精（物质）与阳气（功能）的矛盾运动。属阴的物质与属阳的功能之间的关系，就是这种对立统一关系的体现。营养物质（阴）是产生功能活动（阳）的物质基础，而功能活动又是营养物质所产生的机能表现。人体的生理活动（阳）是以物质（阴）为基础的，没有阴精就无以化生阳气，而生理活动的结果，又不断地化生阴精。没有物质（阴）不能产生功能（阳），没有功能也不能化生物质。这样，物质与功能，阴与阳共处于相互对立、依存、消长和转化的统一体中，维持着物质与功能、阴与阳的相对的动态平衡，保证了生命活动的正常进行。
2．说明生命活动的基本形式：气化活动是生命运动的内在形式，是生命存在的基本特征。升降出入是气化活动的基本形式。阳主升，阴主降。阴阳之中复有阴阳，所以阳虽主升，但阳中之阴则降；阴虽主降，但阴中之阳又上升。阳升阴降是阴阳固有的性质，阳降阴升则是阴阳交合运动的变化。人体阴精与阳气的矛盾运动过程，就是气化活动的过程，也是
阴阳的升降出入过程：死生之机，升降而已。气化正常，则升降出入正常，体现为正常的生命活动。否则，气化失常，则升降出人失常，体现为生命活动的异常。由于阴·阳双方是对立统一的，所以两者之间的升与降、出与人也是相反相成的。这是从阴阳运动形式的角度，以阴阳升降出入的理论来说明人体的生理功能的。
不论是物质与功能的矛盾运动，还是生命活动的基本形式，都说明在正常生理情况下，阴与阳是相互对立又相互依存，处于一个有利于生命活动的相对平衡的协调状态的。如果阴阳不能相互为用而分离，阴精与阳气的矛盾运动消失，升降出入停止，人的生命活动也就终结了。
（三）说明人体的病理变化
人体与外界环境的统一和机体内在环境的平衡协调，是人体赖以生存的基础。机体阴阳平衡是健康的标志，平衡的破坏意味着生病。疾病的发生，就是这种平衡协调遭到破坏的结果。阴阳的平衡协调关系一旦受到破坏而失去平衡，便会产生疾病。因此，阴阳失调是疾病发生的基础。
阴阳学说在病理学上的应用主要是：，
1．分析邪气和正气的阴阳属性：疾病的发生发展取决于两方面的因素：一是邪气。所谓邪气，就是各种致病因素的总称。二是正气。正气泛指人体的机能活动，常与邪气对称。邪气有阴邪（如寒邪、湿邪）和阳邪（如六淫中的风邪、火邪）之分。正气又有阴精和阳气之别。
2．分析病理变化的基本规律：疾病的发生发展过程就是邪正斗争的过程。邪正斗争导致阴阳失调，而出现各种各样的病理变化。无论外感病或内伤病，其病理变化的基本规律不外乎阴阳的偏盛或偏衰。
（1）阴阳偏盛：即阴盛、阳盛，是属于阴阳任何一方高于正常水平的病变。
阳盛则热：阳盛是病理变化中阳邪亢盛而表现出来的热的病变。阳邪致病，如暑热之邪侵人人体可造成人体阳气偏盛，出现高热、汗出、口渴、面赤、脉数等表现，其性质属热，所以说“阳盛则热”。因为阳盛往往可导致阴液的损伤，如在高热、汗出、面亦、脉数的同时，必然出现阴液耗伤而口渴的现象，故曰“阳盛则阴病”。“阳盛则热”，是指因阳邪所致的疾病的性质；“阳盛则阴病”，是指阳盛必然损伤人体的正气（阴液）。
阴盛则寒：阴盛是病理变化中阴邪亢盛而表现出来的寒的病变。阴邪致病，如纳凉饮冷，可以造成机体阴气偏盛，出现腹痛、泄泻、形寒肢冷、舌淡苔白、脉沉等表现，其性质属寒，所以说“阴盛则寒。”阴盛往往可以导致阳气的损伤，如在腹痛、泄泻、舌淡苔白、脉沉的同时，必然出现阳气耗伤而形寒肢冷的现象，故日“阴盛则阳病”。“阴盛则寒”，是指因阴邪所致疾病的性质；“阴盛则阳病”，是指阴盛必然损伤人体的正气（阳气）。
用阴阳消长的理论来分析，“阳盛则热”属于阳长阴消，“阴盛则寒”属于阴长阳消。其中，以“长”为主，“消”居其次。
（2）阴阳偏衰：阴阳偏衰即阴虚、阳虚，是属于阴阳任何一方低于正常水平的病变。
阳虚则寒：阳虚是人体阳气虚损，根据阴阳动态平衡的原理，阴或阳任何一方的不足，必然导致另一方相对的偏盛。阳虚不能制约阴，则阴相对偏盛而出现寒象：如机体阳气虚弱，可出现面色苍白、畏寒肢冷、神疲蜷卧、自汗、脉微等表现：其性质亦属寒，所以称“阳虚则寒，”
阴虚则热：阴虚是人体的阴液不足。阴虚不能制约阳，则阳相对偏亢而出现热象。如久病耗阴或素体阴液亏损，可出现潮热、盗汗、五心烦热、口舌干燥、脉细数等表现，其性质亦属热，所以称“阴虚则热”，
用阴阳消长理论来分析，“阳虚则寒”属于阳消而阴相对长，阴虚则热属于阴消而阳相对长。其中，以消为主，因消而长，长居其次。
（3）阴阳互损：根据阴阳互根的原理，机体的阴阳任何一方虚损到一定程度，必然导致另一方的不足。阳损及阴，阴损及阳：阳虚至一定程度时，因阳虚不能化生阴液，而同时出现阴虚的现象，称“阳损及阴”。同样，阴虚至一定程度时，因阴虚不能化生阳气，而同时出现阳虚的现象，称“阴损及阳”：“阳损及阴”或“阴虚及阳”最终导致“阴阳两虚”：阴阳两虚是阴阳的对立处在低于正常水平的平衡状态，是病理状态而不是生理状态。
临床上，为了区别阳盛则热、阴盛则寒和阳虚则寒、阴虚则热，把阳盛则热称作“实热”，把阴虚则热称作“虚热”，把阴盛则寒称作“实寒”，把阳虚则寒称作“虚寒”：至于阳损及阴、阴损及阳乃致阴阳两虚，均属虚寒虚热范畴；阳损及阴，以虚寒为主，虚热居次；阴损及阳．以虚热为主，虚寒居次；而阴阳两虚则是虚寒虚热并存，且暂时处于均势的状态。但是由于这种低水平的平衡是动态平衡，所以在疾病的发展过程中仍然会有主次。
（4）阴阳转化：在疾病的发展过程中，阴阳偏盛偏衰的病理变化可以在一定的条件下各自向相反的方向转化。即阳证可以转化为阴证，阴证可以转化为阳证。阳损及阴和阴损及阳也是阴阳转化的体现。
在病理状态下，对立的邪正双方同处于疾病的统一体中进行剧烈的斗争，它们的力量对比是不断运动变化着的。邪正斗争，是疾病自我运动转化的内在原因，医疗护理是促使转化的外部条件，外因通过内因而起作用：由于阴中有阳，阳中有阴，所以阴证和阳证虽然是对立的，有显著差别的，但这种对立又互相渗透，阳证之中还存在着阴证的因素，阴证之中也存在着阳证的因素：所以阳证和阴证之间可以互相转化。
（四）用子指导疾病的诊断
中医诊断疾病的过程，包括诊察疾病和辨别证候两个方面。“察色按脉，先别阴阳”（《素问·阴阳应象大论》）。阴阳学说用于诊断学中，旨在分析通过四诊而收集来的临床资料和辨别证候。
1．阴阳是分析四诊资料之目：如色泽鲜明者属阳，晦暗者属阴；语声高亢洪亮者属阳，低微无力者属阴；呼吸有力、声高气粗者属阳，呼吸微弱、声低气怯者属阴；口渴喜冷者属阳，口渴喜热者属阴；脉之浮、数、洪、滑等属阳，沉、迟、细、涩等属阴。
2．阴阳是辨别证候的总纲：如八纲辨证中，表证、热证、实证属阳；里证、寒证、虚证属阴。在临床辨证中，只有分清阴阳，才能抓住疾病的本质，做到执简驭繁。所以辨别阴证、阳证是诊断的基本原则，在临床上具有重要的意义。在脏腑辨证中，脏腑气血阴阳失调可表现出许多复杂的证候，但不外阴阳两大类，如在虚证分类中，心有气虚、阳虚和血虚、阴虚之分，前者属阳虚范畴，后者属阴虚范畴。
总之，由于阴阳偏盛偏衰是疾病过程中病理变