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来，越走越近，渐渐更看清她那一头金色秀发，红润的脸庞尤其是那双深蓝色的眼睛，像一汪深深的湖水，巴斯德彷佛已在其中照见了自己的影子。他正这样痴看呆想，忽见那女子一抬头，秋波一扫正遇着他的眼神，吓得巴斯德心跳脸红，立即低头将脸埋在书里。约摸这女子已走过窗前，他才慢慢抬起头来，只见绿荫里一角红裙飘飘忽忽，渐渐隐去。巴斯德哪还有甚么心思备课看书，他将笔往桌上一摔，用拳头砸着自己的脑袋，轻轻喊道：“上帝啊，这就是我意想中的情人！”
从这天起这巴斯德一伏案读书，好像那书上没有字，一提笔写字，好像那笔里没有墨水，食不知味，睡不成眠，好端端一个教授被那女子的倩影折磨得颠三倒四。好在巴斯德毕竟是受过高等教育而又有抱负的人，深知事业为重，不可使自己的这种状态长期持续，就在研究记录本上暗暗记下，先解决这个课题。他再一调查，知道这女子竟是校长大人的千金，这下心里更是高兴。这倒不是他要攀龙附凤，而是校长一向爱巴斯德年轻有才，这门亲事或许更有希望。于是他使心生一借风使船之计，提笔先给校长为了一信：〃我的父亲是一个阿尔波亚地方的鞣皮工人，我的三个妹妹帮助他做作坊里的工作和家务，以代替去年五月不幸去世的母亲。我的家道小康，当然谈不上富裕，而且我早就决定将日后会归我所有的全部家业让给妹妹们，因此我是没有财产的。我所有的只是身体健康，工作勇敢，以及我在大学的职位。我计划把一切献给化学研究，并希望能有某种程度的成功。我以这些微薄的聘礼，请求允许我和您的女儿缔婚。〃
这可真是欲擒故纵，说是递上聘礼，反倒没有一文，不过真坦露了一颗赤心。而校长倒也开明，便将信转给女儿玛丽，要她自己决定。玛丽一看字里行间的书呆子气，“啪”地摔入纸篓，胸脯一挺，到校园里又唱又笑地独自玩耍去了。
巴斯德等了七天不见动静，又再换一个进攻角度提笔给玛丽的母亲写了一信：“您知道我是多么爱您的女儿，但我怕是，玛丽小姐太重视初步印象了，而初步印象对我是不利的。我确实没有甚么吸引人的地方。但回想过去的经历，我知道那些深知我者，总是深爱我的。而我今天才第一次将我的爱奉献出来。”这封信也照样传到玛丽手里，但照样是一周毫无动静。
这回不必迂回使用火力了，巴斯德直接给玛丽写了一信。他说：“我知道你嫌我身上这般书呆子气，但我只祈求您一点，不要匆忙地下判断。您知道，您可能错了。时间会告诉您，在我的这个矜持、腼腆的外表下，还有一颗充满热情的向着您的心。我虽然一无所有，但我会给您带来荣誉。”这回玛丽小姐芳心动摇了，这一封封朴实无华的信证明巴斯德不是那种纨绔子弟，她完全可托以终身。他们开始在花园里幽会，在巴斯德稿纸成堆的书桌上对灯静坐到很晚很晚。爱情再不是折磨巴斯德感情的绞索，而成了他这架科研机器的润滑油。有玛丽在身旁，他写作时就文思泉涌，千言立就。他钻进实验室里，虽然总想早点出来去看看她，但一想到应该对得起她的爱，便又沉下心来工作了。而玛丽时间长了不见他，就像一只小猫一样悄悄地溜进实验室，将一双小手轻轻地搭在他的双肩上。
巴斯德这次爱情攻关虽再三迂回，但却事半功倍，不到半年时间，1849年5月29日，他们便举行了婚礼。但就在宾客临门，典礼就要开始之时却找不见了新郎，大家都十分焦急。这时只有玛丽不慌不忙，她说：“别急，他一定在实验室里，可不能让那个实验半途而废啊。”
婚后不久，他们夫妇便迁居里尔，巴斯德任里尔学院的院长兼教授。里尔，这是一个酿造业很发达的城市。巴斯德很快在这里找到了自己的新课题，掀起一场关于微生物的轩然大波。
一天，当地的造酒商来求巴斯德，说几个月来，他们的酒突然一下子发酸了，一桶一桶地倒掉，他们的厂子眼看就要倒闭，请化学家务必救他一把。巴斯德这个皮匠的儿子，从小闻惯了鞣皮的味道，连酒坊门也没有进去过。但他确信有列文虎克留下的武器显微镜，不怕弄不出个结果。
他到酒厂取回好酒浆和坏酒浆各一桶。先从好酒桶里取出一滴放在显微镜下，里面有许多细小的球，这是酵母球，就是它使甜菜浆变成了酒。他再从坏酒桶里取出一滴，奇怪，酵母球没有了，有的只是一些细杆棒，它们很小很小，大约只有二万五千分之一英寸。他立即又从厂里搬来许多桶一一化验，都找到了这种小细杆棒。他明自了，一定是这些菌消灭了酵母球，独霸了天下，于是香甜的酒就变成了苦酸的粘液，像一桶酸奶。他又配了一瓶酵母汤，然后往里面滴入一点细杆菌液。他想如果我这个推论正确，这种细杆菌就会在这瓶里繁殖起来的。
它会不会活，会不会繁殖呢？夜深人静了巴斯德做完这一切，才洗洗手，怀着志忑的心情，掩上实验室的房门回到卧室。床头亮看一盏小小的灯，这是给他留的，玛丽已经入睡。自从他们结婚以来，几乎想不起有几次是同时就寝的，总是玛丽收拾完家务，又帮他抄写一会儿论文，实在困乏之极，只好一人上床去。所以每次巴斯德深夜回房，总怀着一种深深的歉疚之情。
当巴斯德轻手轻脚刚走近床头时，玛丽突然将被子一拉蒙上鼻子，喊道：“呀，你又去摆弄那些酸酒桶了。”
“亲爱的，对不起，我应该先去洗个澡的。”
这时玛丽嫣然一笑，退下被头说：“算了吧，也不看几点钟，再洗完澡就天亮了，再说化学家身上的气味哪儿是肥皂就能洗掉的？”
巴斯德上了床，但是眼看着天花板，还是不能入睡。玛丽知道实验室的温箱里一定又放上了甚么瓶子，才搅得他这样心绪不宁。每逢这种晚上是巴斯德最难过的，也是玛丽最焦虑的。她用自己柔嫩的手抚摸着巴斯德那双被药品烧起一层老茧的大手，抚慰着他疲倦的身骨。当手碰到巴斯德的胸口时，她感觉到他的心藏在剧烈地跳动。她吓坏了，一下将耳朵贴在他的胸口：“亲爱的，是不是心脏病又犯了！为了那些小动物也不能不顾自己啊。”
巴斯德拍拍她的手平静地说：“别怕，心跳快一点说明工作速度快，抢到了时间，有甚么不好。”
“你这哪里是工作，是提前支出生命啊。”说着玛丽伏在他身上，泪水打湿了巴斯德的前胸。
“嫁给我吃亏了吧？”
“不，你就是我的生命，我已经完全溶化在你的工作里。我们会成功的。明天这实验一做完，你就是我们的牛顿，我们的伽利略。”
巴斯德感到一种极大的安慰，他就是失败了，也能在妻子面前得到一种足以抵销一切沮丧的温存。他比诺贝尔要幸福一千倍。
他们真的成功了。第二天一早巴斯德抽出那个小瓶子，昨天放进去的一个小灰点，现在起了汽泡，他轻轻摇晃一下，瓶底升起缕缕灰雾，他取一滴放在显微镜下，惊呼道：“它们活了，它们繁殖了！”像牛顿开辟出经典力学一样，巴斯德开辟了微生物领域，他也是一位科学巨人。
这巴斯德跃马横刀闯入微生物领域，便势如破竹，加入无人之境（本来，以前也没有几个人涉猎这里）。他先帮助葡萄产地的农民解决了防止酒变酸的难题。说来简单，只要把酒加热到摄氏五十五度，就可以将细菌杀死，这就是后来被普遍采用的〃巴氏消毒法〃。他发现了寄生在蚕身上的微生物，挽救了法国全国的养蚕业；他发现了羊炭疽杆菌，并治好了羊炭疽病，挽回了2000万法郎的损失。他由此又推出：人身上的传染病，也是出这些看不见的杀人犯传播的。这可是一个大胆的结论，这就不是化学，也不是微生物学的事了，巴斯德已经扬鞭催马踏入了医学的领地。当时欧洲对突然间流行全国的瘟疫束手无策。在俄国的一些乡村里，深更半夜男人们起来把四个寡妇绑在犁上，赶着她们绕村犁上一圈，认为这样就可以抵挡瘟疫，而苦主们也只知降温、放血，或吃点不顶用的药丸。现在巴斯德突然闯了进来说：“这些统统都是骗人！”于是整个医学界就像一个被捅了的马蜂窝。