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任加州大学柏克莱校区化学教授，并担任劳伦斯国家级主任研究员至今。
李远哲对化学动力学、动态学、镭射化学等物理化学领域均有卓越成就。目前为“中央研究院”、美国人文与科学学院、美国国家科学院，以及德国哥廷根科学院等之院士，曾获得美国化学学会的哈里逊豪奖、彼得。德拜物理化学奖，美国能源部的劳伦斯奖、美国总统府的国家科学奖章、英国皇家化学学会法拉第奖和一九八六年诺贝尔化学奖等等。此外，各地学术团体、机构授与之荣誉博士学位、荣誉教授、荣誉讲座、杰出校友、杰出学人等等，并发表科学著作两百多篇。同时也参与国际学术团体、美国联邦政府、加州州政府、加州大学和一些私人学术组织中各种委员会咨询工作。
近十年来，李远哲每年回台湾多次，除主持学术讲习、参加学术会议外，以“中央研究院”原子分子科学研究所筹备处咨询委员会主席身份，协助原子分所的发展，并直接参与原子分所的设计、研究计划、科学家的聘任与学术指导等实际工作。李远哲也是“行政院”同步辐射研究中心的指导委员会委员。
李远哲于 1994 年元月结束三十二年旅居美国的教研生活，回台湾接受“中央研究院”院长的职务。同时，担任教育改革审议委员会召集人，推动台湾教育改革。他在 2000 年大选前几天，公开出来呼吁要让台湾社会“上升”，不要“沉沦”，暗示支持当时选情落后但印有改革色彩的陈水扁，结果李远哲被视为是陈水扁的人，是成就陈水扁当选的“临门一脚”。
后来，李远哲、王永庆、林怀民发表《我们对“总统大选”的沉痛告白》书，要求台湾大选勿再沦为“口水恶斗，应回归政策辩论”，“开创国家远景及两岸稳定关系”。这三个人分别是学术界、企业界、文艺界的领袖，又都被外界认为是陈水扁的好友，在这竞选的关键时刻，共同表达了对陈水扁的不满和对台湾未来局势的担忧，对陈水扁不啻是浇了一瓢凉水。
2000年 3月 18 日，选举结果出来，其中，民进党的陈水扁和吕秀莲得 4977737票，得票率为 39。3％；独立参选人宋楚瑜和张昭雄得 4664932票，得票率为 36。8％；连战和萧万长得 2925513票，得票率为 23。1％；独立参选人许信良和朱惠良得79429 票，得票率为 0。63％；新党候选人李敖和冯沪祥得 16782票，得票率为 0。13％。由这组数据可以看出一个极其残酷的事实，连战和宋楚瑜瓜分了国民党的选票，如果不是国民党的这次分裂，那么，理论上国民党便可以得到 59。9％的选票，甚至更高。正因为他们的分裂，造成了选票被摊薄，使得两人的选票，均未超过陈水扁。
同样的事，如果是发生在美国选举中，因为所有参选人都未通过半数，那是需要重选的。即淘汰掉两个得票率低的候选人，剩下三个候选人再进行一次补选。真的出现这样的补选机会，那么，陈水扁又是一个必输的局面。只是当初李登辉制定的是“公民直选”，并没有规定胜选者一定要超过半数。所以，陈水扁胜出。
相比而言，民进党也有分裂，却未能造成影响。民进党主席许信良，和宋楚瑜的情景颇为相似，他有意参选可是未能获得党内提名，结果他宣布退出民进党，以独立参选人身份参选。这件事无论是对于国民党还是宋楚瑜，都是一件好事。可是，他们只顾着打窝里斗，却没有好好利用民进党的这一分裂。相反，民进党的陈水扁，却充分地利用了连宋分裂。更加上李登辉在暗中支持，单从选举策略上看，陈水扁确实是棋高一着。
至于新党推出的候选人李敖，他的选票原本应该还多一些。只是李敖其人，看问题极其敏锐，他早就看清了李登辉的真实面目，对于国民党无中生有借“兴票案”打击宋楚瑜的行为极度不满，加上他深知宋楚瑜的能力远远胜过连战和陈水扁，他如若能当选，是台湾之福，所以到了最后关头，李敖要求其支持者将选票投给宋楚瑜。这也是宋楚瑜在遭到“兴票案”重击之后，仍然以高票落败的原因之一。
结果出来的当天晚上，数千国民党老党员及民众彻夜聚集在国民党中央党部大楼前，要求李登辉立即辞职，为连战宋楚瑜落选负责。愤怒的群众向国民党中央党部大楼投掷鸡蛋和石头，在大楼墙壁上贴满要求李登辉下台的标语，他们斥责李登辉出卖国民党，“弃连保扁”，“耍两面派手法”。
民众的指责并非无的放矢。实际上，早在此之前，便有人指出，李登辉暗中在支持陈水扁，只是这一声音一直被李登辉强行按住。
2000年选举的失败，客观上加强了国民党内的团结。国民党人猛地醒过来了，看清李登辉的真实面目，就是要搞垮国民党，而国民党如果仍然像以前那样窝里斗，不出几年，便会彻底崩溃。所以，一些有识之士开始站出来，要对国民党进行大手术。这个手术的第一步，便是要从大“党贼”李登辉手里将权夺回来。
李登辉见国民党并没有完全垮，甚至有重新整合的迹象，便紧紧地抓住党权，不肯松手。为了稳定局势，他向外宣布，将于半年后的 9月考虑辞职。可民众不答应，要求他立即辞职，并且表示：“李登辉不下台，我们天天来。”
由于连续多天的集会，对台北的秩序造成了很大影响，身为台北“市长”，马英九是最为着急的。他一贯认为，即使是集会，也应该依合法程序，而这次反李登辉的集会，可说突然而起，并未经审批。在这次选举中，他本人是力挺连战的，这倒不是说他对宋楚瑜有什么特别意见，只是他作为国民党员，没有别的选择。可李登辉从中所做的小动作，他是看在眼里，厌在心中。对于李登辉其人，他早已经看透了，并非今天才知其面目。即使如此，出于“市长”的职责和本人对于“法律”的执着，他仍然认为，反李行动，应该合法而且有节制，所以，他亲自去见那些示威者，劝说他们离开，并且答应将他们的意见向李登辉面呈。示威者将一封抗议声明交给马英九，随后，马英九拿着这份声明前往李登辉官邸，请求见面。
对于所有这一切，李登辉其实在家中通过电视直播看得一清二楚，他对马英九早已经不满意，此刻更是怪他多事。因此，当马英九到达，通过侍卫请求接见时，李登辉对侍卫说：“你告诉他，我已经睡了。”事后，李登辉又对记者说，其实，当时他通过电视看到了一切：“我才没有睡，我们全家都在看电视，我才不见那只狗。”从那以后，马英九又被人叫做马英狗，出处就在这里。
李登辉和马英九结怨之深，可以从后来的一件事中看出。2002年，马英九竞选连任“台北市长”，选战打得最激烈的时候，一向批马的李登辉，突然表现出高姿态，委托台湾新闻社社长杨宪宏将他新写的一本书《慈悲与宽容》送给马英九。此消息一出，台湾媒体纷纷指出，李登辉此举，意思明显，他是在“送输”。对此，李登辉不作任何解释，算是默认了。
由于 2000 年“大选”之后，倒李运动持续了很长时间，真正是民怨沸腾，李登辉无可奈何，只得于选举之后的第 6天在临时中常会上宣布辞职，由连战暂代党主席一职。和他一起辞职的还有中央党部正副秘书长黄昆辉和黄正雄。
李登辉虽然已经辞职，但国民党所受到的伤害已经无法恢复，国民党成为在野党的事实，也已经无法改变。尤其是辞职之后，李登辉的台独面目完全暴露，他开始公开支持陈水扁，并且在国民党内四处活动，制造更进一步的分裂。国民党忍无可忍，宣布开除李登辉党籍。李登辉似乎突然间轻松了，不必再死抱国民党党纲了，进行“台独”活动更加的频繁和卖力，不久便组建了一个“台独”政党。
蒋经国若泉下有知，不知该作何感想。
第七章：2004年的台湾“大选”
连宋竞选班底总干事2000年大选失败后，宋楚瑜公开组党，原国民党阵营内部一大批拥护宋楚瑜的党员加入了亲民党。此事对于国民党来说，是又一次重大打击。而陈水扁掌握了台湾的最高权力，心里也清楚，他的获胜，完全是侥幸，在四年任期内，如果不彻底打垮国民党，那么，国民党必将卷土重来。因此，他抓住了“执政”的有利条件，主要精力不是放在理政以及发展台湾经济上面，而是放在打击国民党，制造�