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在“关于南美洲西岸的上升”这一章里，达尔文几乎按照航行的顺序从南到北描绘了他的地质考察。在这里，他还指出了在更长的距离内、等于沿子午线二千多地理里的陆地的上升，在现代软体动物类和蔓足类的贝壳的上升方面，西岸从瓦尔帕来索（一千三百英尺）开始与东岸就不同，发现了很多不同的品种。在康塞普西翁，这种不同的品种在六百二十五——一千英尺处，在奇洛埃岛，是在三百五十英尺处，在科金博以及更北一些地方是在二百五十二——三百英尺处，在利马是在不超过八十五英尺处。他认为，这种不平衡性也是由于冲动力的大小和次数的不同以及地震的影响而出现的。
达尔文在引证历史上海岸的高度发生巨大变化的证据时，也指出了陆地在上升中长期停顿的可能性，甚至下沉的可能性。
《南美地质考察》的其他几章包括以下材料：一、关于含有表面沉积物的智利的地质；二、关于判帕斯层系；三、关于巴塔哥尼亚和智利第三纪层系；四、关于深成岩和变态岩；五、关于智利中部和科迪列拉山脉的构造；六、关于智利北部。这里不谈这几章的内容。因为其中很多东西都已非常陈旧了，我们只是提一提几个重要的基本倾向，这些倾向能使我们弄清楚他著述中的大量实际材料，这些材料是他非常细心地、有时甚至是他在航行时经过英勇斗争才搜集到的。
首先，我们指出达尔文为建立赖尔的新思想而进行的斗争。遵循赖尔的思想，他仔细地估计现代地质因素的作用，并且表明，地壳的形成过程是很长的，很复杂的。他证明，甚至陆地上升（和陆地下沉）基本的持续阶段有时也不是一个样的，而经常发生过程的局部延缓，有时过程停止，而有时也出现暂时相反的运动。他指出，应当如何寻找这些不同形式运动的遗迹，应当如何根据这些遗迹建立反映这个考察资料全貌的地质史。例如，他既考察了在第三纪时陆地广大地区非常缓慢的下沉，也考察了在中生代极端复杂的运动。
该书另一个特点是对岩石进行详细的考查，对矿物的产生和岩石的形成（例如在关于劈理和片理的两章）经常进行颇有创见的分析。
最后，该书第三个特点是，达尔文坚决摒弃任何具有引用圣经和宗教观念的形式的说明。例如，道比尼对各种不同高度上的和占有很大地区的判帕斯层系的形成，提出一种用洪水说明沉积层产生的理论。达尔文在对它进行细心而又详细的分析后说：“如果这种洪水理论不是道比尼这样著名的博物学家提出的，我是不会提起它的”。
可见，随着《南美地质考察》在一八四六年的出版，《‘贝格尔’号地质学》也完成了。《‘贝格尔’号动物学》完成得更早一些。第一部（《古生物哺乳类动物》，奥温编）在一八四○年出版，上面有查·达尔文写的序言；第二部（《现代哺乳类动物》，华德豪斯编，有达尔文关于现代哺乳类生态学的札记）更早一些，在一八三九年出版；第三部（《鸟类》，约·古尔德和葛瑞编）在一八四一年出版；第四部（《鱼类》，列奥纳尔德·詹宁斯编）在一八四二年出版；第五部（《爬行类动物》，托马斯·贝尔编）在一八四三年出版。
在达尔文孤独的生活中，他的通信（他竭力同他所有的通信人认真地保持通信联系）起了不小的作用。在整个研究时期，他同赖尔和虎克这两个最亲近的朋友通信最多。在老朋友当中，他同表兄弟福克司（如上所述，该人致力于家禽业）的通信比其他人要多些。福克司从事家禽业，这使达尔文不止一次地向他这个专家询问，委托他进行达尔文所需要的观察，而有时也让他出出主意。
在同福克司这样的青年时代的朋友的通信中，达尔文很愉快地回忆起他们很久以前一起散步或参观的情形。他有时也不忘记以感激的心情指出，他多么感激这些朋友，不忘记强调指出，他们对他特别明显地表现出来的友好关系，在给他的老同事和前“贝格尔”号舰长菲茨·罗伊的信中，我们发现下述几行热忱的话：“您好，亲爱的菲茨·罗伊，我时常想到您对我表示关心的许多事实，使我常常想到的是这么件事（无疑，您把它忘记了）：在我们驶向马德拉群岛以前，您来到我的舱房，并且亲手整理了我的吊床，后来我得悉，这件事使我父亲感动得热泪盈眶”。
在同虎克和赖尔的通信中，主要谈的是他们自己的著作，著作进展情况（他们时常交换清样并相互检查）的消息和在刊物上发表著作后对著作的讨论情况。在评价自己朋友的著作时，达尔文竭力称赞。但是，他不改变自己对科学的诚实态度，如果他不同意自己通信人某些论点，就提出不同意见，经常坚持自己的意见。对自然科学上的各种争论问题也可以这样说。例如，虎克断言，孕妇的感受看来会影响她的婴儿。一般来说，当时这个相当流行的意见（例如，达尔文的祖父伊拉司马斯就支持这个意见）受到达尔文严厉的驳斥。他在致虎克的信中说：“我仔细地研究了有关这个问题的零散事实，但我认为，这里无非是些偶然的巧合。亨特在产房里告诉我父亲，他曾在很多情况下，在产妇分娩前，问她们什么使她们产生了强烈的感受，而后把她们的回答记下来。他绝对一次也没有发现有什么正确的东西，即使产妇在婴儿身上发觉某种特别的东西，但后来也就认为这是由于某种感受所致”。
达尔文对他的朋友们的命运的各种变化都给予莫大的关心。例如，在虎克被提为爱丁堡大学教授候选人时，达尔文虽然表示惋惜，因为他们再不能经常见面了，但他在给虎克的一封信中展示了广阔的前程：虎克在爱丁堡将“造就”很好的植物学家，将成为受年轻学者特别敬仰的朋友和指导者，即成为对达尔文本人来说就是汉斯罗当时在剑桥时那样的人。他认为，在这种教育工作方面，虎克在科学上的事业不会遇到困难，达尔文一定会看到虎克将在“植物地理分布这非常宏伟、几乎是创造规律的主要基石的课题方面，成为欧洲首屈一指的权威”。但是，虎克没有当选为教授，他不久便成为他父亲基由植物园的助手，父亲死后，他便代替他父亲管理植物园。
达尔文得知虎克决定去参加著名的考察喜马拉雅山脉（虎克于一八四七年十一月十一日启程））后，极为关注此事。他劝虎克研究印度的煤炭区，这会成为取得英国政府的“实利主义首脑人物们”大笔政府津贴的借口。他自己想委托虎克搜集关于驯化的动物种族的资料。在虎克献给达尔文的《喜马拉雅山日记》出版后（已经是一八五四年了），达尔文非常激动，并给虎克写了一封热情的信，答谢他的献礼，对他的书大加赞扬，并称它是“第一流”的书。
一八四五年，达尔文修改后的《考察日记》第二版以穆瑞的普及本形式出版了。达尔文为他修改了《日记》，删掉了各种累赘的东西，把“关于气候，冰川等冗长的论述”压缩了一半。
另一方面，由于在这期间出版了他在“贝格尔”号旅行时写的生物著作和地质著作，因此很自然就对日记中相应地方作了一些增加，并使之更加准确。例如，在第二版中，增加了对珊瑚礁起源理论的阐述，奥温整理的关于南美古生哺乳动物形态资料更加准确了，巴塔哥尼亚高地的地质更加准确了，补充了关于火地岛人的某些内容，增补了关于按几何级数增长的论断，根据已经发现的绝灭的哺乳动物的尸体，对动物绝灭原因的论断也增补进去了。
他在这里反对用一种突然的灾祸来解释动物毁灭的“灾变说”。他认为，正象在人类消灭任何一种动物时，这种动物在没有完全消失前就愈来愈少一样，自然界中的一个�