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分内容。这种整理神学资料的工作是当时典型的“学术活动。”
自基督教在3世纪建立之后，所有社会承认的知识就来自于圣经了。这些知识对人间万物无所不包，是致上的，唯一的权威。但是，由于所谓的“旧约” 是用希伯莱文，而“新约” 是用希腊文写的。所以，历史中很多学术工作是把它们翻译成为拉丁文，英文，和通用语言。在翻译的过程中，译者会按照雇佣者的旨意把原作进行图解和发挥，于是形成了形形色色的版本。由于各自对原作的解释不同，就出现了不同的学派和教派。这种对圣经，同时也是对“知识” 的考证，图解，判断，推理，发挥构成历史上学术工作的一个十分主要的部分。由于圣经之浩瀚，历史之悠久（公元前一千多年前就出现了） ，再加上教会和政府的极度重视，围绕圣经所进行的学术工作十分可观。不仅建立了许多经院，大学，而且培养了许多训练有素的学者。他们精通语言，修辞，文法，以至数学，天文，哲学，艺术，和希腊经典。在一千多年的历史长河中，由于这种学术活动，形成了西方历史独特的学术传统。
这种学术传统具有方法严谨，研究系统，模式规范，逻辑清晰，推理求证，重视证据，学术集中（大学与经院），等西方研究的特点。即便在今天，也可以从现代学术中体现出来。今天的学者从事研究时，已经十分熟悉现代学术的规范，方法，理念。但是这些学术方式并不是在近代才产生的，它经历过人类社会漫长的演变。而它的源头就是神学研究。
质疑的传统
也正是由于神学研究的传统，培养了许多优秀的学者。他们对探索自然充满好奇，同时又掌握严谨的研究方法。在专心研究神学的过程中，他们越发无法满足圣经对自然的解释，比如“地心说。” 于是，很自然，出现了像哥白尼这样伟大的学者。哥白尼就是神学经院里训练有素的学者和神甫。于是，好奇使得他走出圣经的光环。哥白尼时代（1473…1543） ，世界已经经历的“文艺复兴” 的洗礼。人们重温希腊经典，质疑基督说教，开始寻找思想的新空间。但是，哥白尼所面临的不仅仅是“地心说” 的正确与错误，而是一个更为巨大的命题：什么是知识的基础。很多人都认为哥白尼挑战了教会。其实他在发现“日心说” 时犹豫了很久，因为“知识的权威是谁”的基本问题还没有得到解决。为了这个问题，哥白尼整整等了十年才发表他的发现。
在哥白尼之前，真理的权威，知识的权威毫无疑问的属于圣经，属于教会，属于基督。没有任何人可以挑战这一点。事实上，哥白尼本人也没有在真正的意义上质疑教会。他仅仅是在自己的研究中发现了“日心说，” 而只是从事实出发宣布了自己的发现。他即没有反对上帝，也没有抗拒教会，只是在另外一个真理面前表现了极大的困惑和不安。
真正从思维上挑战圣经真理的就是哥白尼之后，17世纪的伟大哲学家，数学家笛卡尔 ＇5＇。这位不太安分守己，喜好周游世界的法律学毕业生，由于受到荷兰哲学家皮克曼启蒙性的引导而开始对数学和哲学发生极大的兴趣。笔者认为，笛卡尔最大的贡献是质疑了传统的知识系统：什么才可能成为知识 （真理）。在他之前，知识全部来自圣经，即所谓的“圣经真理” （Biblical Truth） 。由于圣经的形成是基于对长达上千年流传的神学文献书稿进行整理，翻译，解释，甚至发挥，因而带有极强的各人因素，文化影响，历史演变，政府控制。而17世纪时的圣经已经基本形成完整的系统而为教会和社会广泛的接受。所有人类的知识都来自圣经。可是人们发现，真实的世界与圣经有明显的差别。于是，寻找新的认知方法成为17世纪社会思想的焦点。而笛卡尔就是在这个关键的历史时刻提出了自己伟大的学说：“质疑说” （Skepticism） 。他认为客观真理是与每个人的感觉，看法，意识无关的。只有通过对自然的观察之后 （每个人观察的结果可能不一样） ，进行现象分析和逻辑推理，才有可能得到推论和证实。而这种推论又必须经过反复质疑才有可能是结论，而成为知识的一部分。一旦成为知识便不可毁灭。所以，圣经真理不是唯一的真理，因为还有另外一种方法可以得到真理：数学。
在古典中国； 没有科学的传统。因而在学术方面的传统，以考证，注释，解译，整理，汇编为主。很少有剧烈的挑战和质疑。对于古典学说，大多以解释和考证为主要学术活动。比如，对于孔子的哲学，历史上与今天的学术成果基本上是对孔子的解译，试图更为深刻的认识他的思想。在学术行为上，这一点十分类似西方历史上对于神学的研究。比如对于圣经资料，历代学者经过上千年的考证，注释，翻译，整理，才汇编成为今天的。在学术活动中，圣经里的章节，理念，观点都是神的旨意，具有绝对的权威，是无法质疑的。
对于孔子也是如此，孔子的思想是中国哲学的核心。学者们只能著译，不能质疑，即便是今天。虽然在历史上，尤其是时期出现过反孔的浪潮，但是那种运动主要是为了接受西方理念而简单的从口号上，情绪化的反孔，而并没有从思想上深刻的批判，并在观点上标新立异。所以，笔者认为，时期的反孔仅仅具有时代上的进步意义，但是没有太多思想上的学术价值。然而笛卡尔不仅讥讽了基督，而且从思想上批判了宗教。更为重要的是，他提出了新的理念，改变了人类的思维方式，是一盏历史上的思想明灯。
前面提到，中国传统教育界几乎清一色文人学者，而没有很多人经历过科学训练和思想洗礼。他们在思想上受到中国传统意识的深刻影响。所以，他们创办的中国大学传统与西方现代大学在学术研究的理念上也存在很多差别。中国的大学在传统上更加强调“知识” 以及对知识的理解。上世纪50年代，中国社会十分推崇“知识就是力量” 这句培根的名言。在这种口号下，大学教育鼓励，推崇单方向的求知，学习，演算，和熟练的技巧。但是现代大学，尤其现代研究型大学更为重视思考，想象，和创造。而创造的前提一定是“提问” 和“质疑。” 因此，西方大学在教学上的一个核心理念就是如何启发学生们“提出问题。” 芝加哥大学认为，大学应该培育学生“提出最难回答的问题” 的能力。老师和学生将一起寻找问题的答案。因为，对于很多问题，老师并没有解答。所以大学并不仅仅是教学已知，而且是探索未知的地方。
研究型大学最为重要的价值之一在于对知识的贡献。而产生新知识的学术行为就是一种创造活动。学术成果里必须含有许多丰富的，原创的，有意义的，有价值的知识。这成为对所有学术活动的唯一判据。博士论文定义为：“Significant contribution to knowledge。” 换句话说，如果一个论文没有对知识的重要贡献是不能通过的。
现代科学传统
笛卡尔的挑战是历史性的，他的质疑是前所未有的，他的认知哲学是现代科学的奠基。从此，人类在思维上走上不归之路。就在笛卡尔之后仅仅几十年，就出现了现代物理的鼻祖伽利略。在伽利略之后又出现了牛顿和达尔文。至此，西方世界的科学研究一发而不可收拾。更为重要的是，由于笛卡尔的思想，动摇了教会的权威；由于伽利略的工作，导致了现代科学的诞生。
我们知道，现代科学是在近代诞生的。现代科学研究的一个主要标志是科学学会的诞生。1660年英国首次成立了伦敦皇家学会 （Royal Society of London） 。不久，法国巴黎组建了巴黎科学院 （Paris academy of Sciences） 。之后，类似的学术团体如雨后春笋，相继在欧洲各地建立起来。这种学术团体的形成标志着现代学术研究的开始。而在此之前，许多探索工作都是个体，独立的，方法不规范的。因此，以学术单位为基地，以科学学会为活动范围，从事研究工作是现代科学的一个十分基本的，重要的特征。今天的学术活动必须依附学术研究单位。而完全个体的学术研究很难得到承认。
现代科学的核心就是基于科学的理念，通过统一，规范，系统，严谨的方法研究自然与社会。正是因为科学学会的建立，才有可能建立统一的，规范的，系统的，科学的研究方法。这种现代科学的方式根本性的区�