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从此，人类重返黑暗中世纪，创新受阻，科技停滞。但绝大多数人类并没有意识到这一点。他们受*教育蒙惑，都觉得大同社会已经实现，他们的生活无比幸福，娱乐致死。
但自由联邦的科技水平却从来没有停滞。恶劣的生存条件使他们具有更强烈的危机感，不管是热核武器。还是火箭技术，以及基因克隆控制，空间科技等等，都在不断发展进步。但毕竟人口有限，空间促狭，资源匮乏，许多实验只能借助超级电脑模拟实现，所以进步并不神速，且有待验证。
帝国历618年，自由联邦利用基因技术克隆了帝国皇帝，并成功将其与本人替换。但新皇帝登基后，却背叛了联邦，并在帝国内部展开有限改革，试图开启科技创新，并最终统一全球。好在联邦对此早有防范，对其严格保密了科技成果。
此时，无论是帝国还是联邦，都已严重伪娘化。这不仅是y染色体基因退化所致，也是文化使然。自从帝国统一后，战争已经绝迹，以好斗和破坏为本性的男性特质受到批判和压抑。自由联邦以美神、爱神、真理女神、正义女神和智慧女神为图腾，其成员都已经完全女性化。因为基因科技已经使她们可以自由选择自己的相貌、身材、以及年龄和性别。我们都知道，从物质构成的角度上讲，每过七年，构成我们身体的所有物质都会彻底更新一遍。正是利用这个原理，结合最新基因科技成果，自由联邦的人们重新编码了自己的dna序列，她们可以在每一个七年内选择自己所想要的任何优良基因，并且完全可以保持永生。而她们全都使自己维持在17…23岁的青春期，并大多只愿意选择做女性，因为女人是最美的、最善良的、最正义的。她们从来不认为自己掌握了真理，获得了最高智慧，所以才能不断进步。
遗憾的是，因为每个人都是完美无缺的，且所有人都选择在人类看来最美的女性躯体，因为不需要弥补自己的缺陷，也无须羡慕别人，爱情也就失去了存在的土壤。虽然她们都永远处于看不到尽头的青春期，但她们却都不可能再体验任何爱情的滋味，那无聊的永生，倒成了折磨人的东西。她们都很好奇，数百年前原始的地球人所经历的青春期是什么样子的。她们也想回去重新体验一下。
新帝国皇帝不满人类伪娘化趋势，强行把战神和死神设置成新的帝国图腾，并创立搏击俱乐部，鼓励竞争。无奈其*独裁统治从根本上革除了由*所带动的创新动力，且因其科技停滞过久，人类耽于享乐。根本不愿再进行新的冒险。帝国科技仍然处于停滞状态。
帝国历1117年，一颗被命名为阿努比斯的小行星蓦然出现在地球轨道上，不出意外的话会在一年内撞击地球。
自由联邦率先发现了这颗小行星，确定其直径达数百公里。主要成分为水，如今已成彗星。
在这全人类都面临的灭世危机面前，自由联邦不得不通报世仇帝国皇帝同胞，期望双方合作，共同抵御危机。
帝国科技落后，起先还以为这是自由联邦的阴谋，没有给与足够重视。等到确定危机就在眼前时，为时已晚。
最终，帝国和联邦仓促合作，借用帝国场地。发射了一枚火箭，携带经过充分计算的热核武器，命中彗星，并将其肢解为上千片小型彗星。
但这颗彗星的主要组成部分是水，其上千片碎块虽然不足以使人类当即灭绝。但其造成的影响足以相当于上千枚核弹在地球各处引爆，海洋被蒸发，核冬天来临，接着是旷日持久的暴雨如注。
雨停后，海平面比先前增高几乎一倍，地球上只有海拔8848的珠穆拉马峰勉强能露出水面。
若干年后，冰河期来临。全球被冰雪覆盖。
自由联邦因为位于南极地下的秘密基地，在这场大灾难中幸免，且所受冲击有限。而且她们事先已将所有地球生物基因备份，试图开创新世纪。
帝国皇帝在仓促危机面前做两手准备，一是在喜马拉雅山造方舟以避难，二是在珠穆拉马峰地下挖洞。也如同自由联邦那样，尽量多地保留地球生物，不过他保留的不是基因种子，而是活物。他的目的很简单：为了维持不死之身，必须储存足够的食物。
末日纪元元年。自由联邦利用空间科技，开启救世主计划。
所谓空间科技，是自由联邦的科学家研究一种奇异的次夸克粒子时发现的。用平白的语言解释：如果算上时间的话，宇宙是一个四维时空统一体，但很少有人知道，还有更多的维度深藏在微观中。那些维度并非多余，三维世界中的一切事件，都会投射到对人类隐藏的微观维度上，理论上在那里保存了世界上所发生过的一切信息，只要按照一定的步骤解读，就能还原宏观世界上所发生过的一切事件。
于此同时，由于地球在不断地运动：绕着地轴自传，绕着太阳公转，同时也跟着太阳绕着银心转动，甚至跟着银河系在更大尺度的空间内移动。所以，我们的人类世界在微观维度上留下的轨迹，实际上是留在更广阔的宇宙太空之中。找到世界曾经的轨迹，就能找到我们自己的过去。在广阔太空中，原子以上物质存在是相当稀少的，每隔几光年才有一颗恒星，至少几百万公里才有一颗小行星或彗星，每立方米只有几个原子……但对于次夸克粒子来说，它们却是充满整个空间的海洋！大型物质在它们表面留下的印迹，如同月球上的人类足迹一样，可以永久保存。因为在黑暗太空中极少受到其他物质信息的干扰，因此我们人类的一切过去，都还几乎没有受到干扰地保存在外层空间里。
人们并不需要回到‘过去’，只需要打开通向那里的‘星际之门’。微观世界中有着隐藏的维度，这些维度本身就是打通不同空间的关键。次夸克粒子本身就存在在多维度中，它们从一点到达另外一点，并不需要经过广袤的空间，而有着完全不同的途径和方式。几光年的距离，对于它们只不过是穿过一道门而已，遗憾的是，那道门对于我们这些宏观物体是封闭的。但我们能够将一些亚夸克粒子送入那扇门后，并且利用量子纠缠原理，解读在那扇门后面所发现的信息。
这种新技术的发明使自由联邦的人们欣喜若狂，她们认为发现了解开历史难题的钥匙。因为人类早就发现，根据脑电波共振原理，借助于仪器，可以在不知不觉中轻易影响一个人的思维，甚至达到完全控制。而最佳的控制手段，则是利用梦境。在潜意识中种下意念的种子。
空间技术的成果，再结合梦境意念植入科技，完全可以跨过时空之门，通过量子纠缠。对过去的人进行意念植入。
关键就在于能找到恰当的人。因为脑电波共振最佳效果需要实施的双方具有高度基因相似性。正是因为在这方面存在明显不足，自由联邦现有成员虽然都携带了史上人类最优基因，但古人的基因却皆不完美，因此无法实现完全共振，意念植入效果也就很不理想。
她们分别在古中国、古印度和古罗马寻找救世主，结果均以失败告终。被她们所启发的人，因为语言不通和其他原因，无法完全明白其意图，只给人类留下了道德经、佛教和基督等，虽劝人向善。却都被统治者用来牵制思想、压抑*、扼杀创新。而其结果都是不可避免地导致全球走向*，大一统的帝国不可避免。
与此同时，原帝国皇帝也没闲着。他费尽周折，盗取了同样的技术，也玩起了同样的游戏。只是不过他的计划被称为“战神计划”。他所启发的人都要么成了历史上有名的战争狂人，如项羽、恺撒、拿破仑、希特勒，要么成了各种开国皇帝：秦始皇、李世民、奥古斯都、查理大帝……
人类历史呈现出以自由联邦为本源的上帝天使派和以帝国皇帝为代表的撒旦恶魔派之间的不休征战……
最新一期救世主计划开启了，这一次，自由联邦具备了更先进的技术和更充足的条件，她们在原地球亚洲大陆的东端冰雪覆盖的地底，找到了一个密封的保存完好的铁盒子。里面有一本用古汉语手写而成的书，名叫《左岸枯草》，和一缕头发。这是21世纪初帝国统一前的一名男性所留下的，据历史记载，正是